Entre la estructura del templo terminado en 1841, se advierten los testimonios de lo que hubiera sido una estructura misional más edificada en piedra, Iniciada probablemente unos años antes de la expulsión jesuita, la antigua misión de San Juan Bautista de Badiraguato muestra una sacristía con una interesante cubierta en bóveda de cañón corrido, además del derrame mixtilíneo en la ventana que ilumina el interior. Por otra parte y no menos interesante, es el espacio preparado para el camarín localizado tras el muro testero, con la conjunción del doble muro y vanos contrapuestos, que generarían acaso una suerte de transparente con la imagen de bulto del Santo Patrono, iluminada desde el exterior por la luz desde la alborada.
El resto del inmueble es obra del siglo XIX, donde predominantemente decuellan los elementos que delatan un lenguaje decimonónico, que sin embargo la sola presencia de la sacristía con su bóveda marca una factible conexión e influencia tecnológica recibida desde la misión de San Ignacio en Tamazula, Dgo.