A finales del siglo XVIII, años después de la expulsión de los jesuitas, la antigua misión de San Felipe y Santiago de Sinaloa es devastada por las aguas del río Petatlán durante la extraordinaria inundación de 1770. Poco tiempo después es levantado el actual templo de San Ignacio de Loyola, empresa que inició en 1772 y concluyó en 1796, de acuerdo con la inscripción que se descubre en el exterior del muro testero.
La misión de Sinaloa desapareció, dejando como testimonio evidente la base del campanario. Construido por completo de ladrillo, éste presenta algunos anagramas como elementos simbólicos; aparecen los signos de María y Jesús labrados en cantería.
Es muy probable que del escombro de la ruina, se obtuviera el material necesario para la fábrica hecha en el actual emplazamiento, desde luego fue escogido un sitio más elevado. Evidencia de esto se palpa con mayor razón en las portadas que muestra el actual templo. En estas las proporciones de los fustes se abrevian, tornándose más bajas, sin perder el característico semblante que le imprimen las estrías, que también aparecen en las dovelas del arco.