En aquel "paraje más elevado" del relato de Tamarón y Romeral, el mismo en que se reubicó la misión de Nio; allí fue donde poco antes de 1760 se levantó la nueva iglesia, después del derrumbe en Pueblo Viejo, que a causa de la expulsión jesuitas en 1767, este inmueble probablemente nunca fue terminado; quedo el testimonio de una obra truncada.
Construida de sillares, ahora solamente permanece el arranque de los muros, además del inicio de las portadas laterales y la principal. Claramente se describe una planta de cruz latina, con un crucero estructuralmente preparado para que en sus esquinas se apoyaran las pilastras que probablemente recibirían pechinas, tambor y cúpula. En Nio las portadas son tres, además de la principal, hay dos laterales, que miran, una al oriente, y otra al poniente. La portada del frontispicio enmarcando el acceso principal, tal como sucede en una composición formal de arquitectura religioso, es la más elaborada. Concebido por un arco de medio punto, el acceso principal se enmarca por un par de pilastras empotradas, de fuste estriado, las cuales se coronan con capiteles toscanos, y descansan sobre basas. El estriado de los fustes se repite de manera continua en cada una de las dovelas que forman el medio punto, hasta culminar en la piedra clave, donde la jerarquía se reseña con una imagen guadalupana. Por cada flanco en el enmarcamiento del ingreso, un par de pilastras de sencillo fuste tablerado, escoltan el encuadre del acceso.
De los accesos laterales, el que da hacia la fachada poniente es el más completo de estos, en el se aprecia un dovelado sin adorno, aunque de manera aparentemente incidental, en el salmer izquierdo aparece la mitad de un complicado adorno de lacería encerrado en un espacio semicircular. La estructura de dovelas se sustenta en un par de pilastras empotradas, similares a las aparecidas en el acceso principal, de fuste estriado, con basamento y capitel del orden toscano.
En lo que debieron ser los apoyos del arco en el sotocoro, se adivina aún el fuste estriado, donde se encontraban empotradas un par de pilas para el agua bendita, ambas coronadas por cruces ricamente revestidas con ornatos florales, ambas arteramente dañadas por una rapiña mal intencionada. Cabe destacar que al interior del templo nuevo se encuentra la escultura en piedra de San Ignacio de Loyola, que muy probablemente debía llevar dentro de un nicho central de la fachada inconclusa, Dicho sea de paso que el esquema formal de la portada guarda una fuerte relación análoga con la portada de la misión de Opodepe en Sonora.